Las terminales del Puerto de Bilbao están gestionadas por seis empresas estibadoras.
ATM pone a disposición de las empresas navieras, importadoras y exportadoras una excelente y competitiva vía de entrada y salida al País Vasco, Península Ibérica y sur de Francia. La privilegiada situación geográfica de su terminal, sin limitaciones de calado y espacio de almacenamiento, hacen de ella la puerta ideal para el intercambio de mercancías.
Una inversión de 74,6 millones de euros, la solidez estratégica que garantizan sus socios y alianzas, la capacidad operativa lograda tras la adquisición de Atlantic Euroterminal, S.A., la disponibilidad de 450.000 metros cuadrados y la aplicación de los más modernos sistemas de manipulación y gestión de operaciones configuran una terminal con una capacidad anual de manipulación de 600.000 TEU´s.
Agemasa opera, desde 1964, como consignataria y estibadora en el Puerto de Bilbao. Inició su actividad en los antiguos muelles, donde ahora se asienta el museo Guggenheim. Tras 30 años de actividad en el Canal de Deusto, concentra actualmente todas sus operaciones (ya sólo como estibadora) en los muelles de Santurtzi. Dispone de dos líneas de atraque diferenciadas según destino, 23.400 m2 de superficie cubierta distribuida en 5 almacenes y 28.700 metros cuadrados de superficie de almacenamiento descubierta. Completan su equipamiento 6 grúas de pórtico, 22 carretillas elevadoras y 19 carretillas con pinzas hidráulicas para la manipulación de papel.
Fundada en Bilbao, en 1870, Bergé y Cía se extendió por todo el territorio y de ella nació Bergé Marítima como compañía matriz del negocio portuario-logístico, ofreciendo servicios de transporte, comercio exterior, almacenaje, administración, promoción y asesoramiento. Ahora, Bergé Marítima, con más de 30 compañías y un millar de trabajadores, juega un papel dominante en el sector portuario español. Con oficinas en Madrid y Londres, presta servicio 24 horas al día, 365 días al año.
Consignaciones Toro y Betolaza, S.A. fue fundada en Bilbao el 12 de febrero de 1966. Desde entonces ha desarrollado su actividad en el sector marítimo como armadores, consignatarios de buques, estibadores, agentes de aduana, transitarios y transportistas. Con la central en Bilbao, opera desde Santurtzi y Zierbena y cuenta con delegaciones en los puertos de Pasajes, Gijón y Las Palmas de Gran Canaria.
En sus terminales del puerto de Bilbao dispone de más de 52.000 metros cuadrados de superficie cubierta y 52.000 descubierta, para la recepción, depósito y distribución de diversas mercancías, como productos forestales, siderúrgicos, sulfato, etc. Dispone de una rampa roro, una grúa Liebherr con 104 toneladas de capacidad y vagones especialmente adaptados para el transporte de productos forestales.
Con sede en el Puerto de Bilbao, esta empresa se ha consolidado como una de las mayores consignatarias de buques, manipulación portuaria y distribución capilar. Para ello cuenta con una línea de atraque de 1.590 metros y un calado de entre 11 y 14 metros, una superficie descubierta de 90.700 metros cuadrados y otra cubierta de 36.600, con 6 almacenes.
Marítima Candina dispone, además, de 13 grúas de distintas características y 38 máquinas elevadoras, un sistema de almacenamiento con recepción vertical, un sofisticado sistema de gestión de las mercancias y una conexión directa de ferrocarril.
SLP ofrece en el puerto de Bilbao una gran especialización técnica y humana para la recepción y manipulación de mercancías. Opera, además, como representante y consignataria de más de 500 buques y varias líneas regulares, entre las que se encuentra Boluda Lines
Pone a disposición de sus clientes, 9 grúas fijas y dos grúas móviles de más de 100 Tm, para la carga/descarga de mercancías, y maquinaria auxiliar como palas cargadoras, pulpos, cucharas, etc. 2 tolvas de 80 metros cúbicos para cereales, una cinta transportadora y una báscula para el pesaje de camiones, completan su equipamiento.
Para depósito de mercancías, dispone de cerca de 24.000 metros cuadrados de superficie descubierta entre los muelles de Santurtzi y Zorroza, y 12.600 de almacenamiento cubierto en la zona de la ampliación